진남관은 조선시대 수군의 본거지로 사용하였고 임진왜란 때 이순신 장군이 전라좌수영의 중심 건물로 삼았던 곳이다. 임진왜란 뒤인 선조 32년(1599) 삼도통제사 이시언이 객사로 다시 지었는데, 지금 있는 건물은 선조 42년(1609) 불타 버린 것을 숙종 42년(1716) 수사 이제면이 고쳐 짓고 이후 여러 차례 수리한 것이다.

규모는 앞면 15칸·옆면 5칸이며 지붕은 옆면에서 볼 때 여덟 팔(八)자 모양을 한 팔작지붕이다. 지붕 처마를 받치기 위해 장식하여 짜은 구조가 기둥 위에만 있는 주심포 양식인데, 그 구조와 형태가 간결하면서도 화려하다. 건물에 벽이나 창호를 달지 않았으며, ‘진남관(鎭南館)’이라는 현판이 달린 양쪽 기둥 위에는 용머리를 조각하여 걸어 놓았다. 큰 기둥이 68개나 서 있는 긴 건물로 해인사장경판전(국보 제52호)과 함께 가장 큰 건축에 속한다. 안쪽 천장은 재료가 훤히 보이는 연등천장으로 꾸몄다.

건물의 규모가 커서 외관이 웅대하며 우리나라에서 가장 큰 단층 목조건물 중 하나이다.